1.將全國6186種學術期刊分別歸屬到81個一級學科和文科綜合、理工綜合、農學綜合、醫學綜合共85類學科，專業期刊跨學科的，按所刊登的一級學科最多的論文的屬性劃歸學科。

2.將全國所有被評價的普通本科高校在這6186種學術期刊上以第一作者發表的論文逐篇標記。

3.將85類期刊分別按影響因子降序排列，并將降序排列的期刊刊登的帶有標記的論文數量依次相加，直至相加的論文總數達到該類學科分配的論文數量為止。如果某個學科將全國所有的學術類專業期刊窮盡后，仍不能達到需要的論文數量，則從落選的綜合性中文核心期刊中逐篇尋找該學科的論文，直至論文總數達到該學科分配的論文數量為止。完成初選。

4.對初選期刊進行二級學科篩選。如有人數較多的二級學科沒有期刊入選，則需將該二級學科影響因子最高的期刊依次選入。二級學科期刊按人數比例入選期刊過多的，則需將該二級學科影響因子最低的期刊依次刪除。之后，用同樣的方法對臨床醫學二級學科進行三級學科篩選。

5.對期刊進行地區篩選。期刊二級學科（臨床醫學三級學科）篩選后，如發現某個地區期刊明顯缺少時，則以該地區綜合類期刊補充。

6.為保證優秀的專業類期刊和綜合類期刊不被遺漏，實際篩選時各學科門的期刊都較核定的論文數量有所增加，增加幅度通常為10%～20%。